Согласно информации от специалистов Яндекса нет ничего страшного в том, если на сайте будут установлены 2 разных счетчика Я.Метрики. Однако в таком случае рекомендуется устанавливать счетчики в соответствии с инструкцией по ссылке.
Что касается счетчиков Google, то здесь всё зависит от версии кода отслеживания. Если речь идет о Universal Analytics (analytics.js), то можно установить несколько кодов отслеживания на сайт. Если используется более ранняя версия счетчика Analytics (ga.js), то возможно установить только один код отслеживания. Несколько экземпляров могут привести к неправильному сбору и обработке данных, а также к ошибкам в отчетах. При этом на веб-страницы, содержащие один экземпляр ga.js, можно установить один или несколько экземпляров analytics.js.